はじめから電子書籍として購入したものに対して質的な差をつけられるとしたら、参考書などを読む過程に書き込んだ手書き文字の認識だと思います。まだ精度の良い認識ソフトはないと思いますが、evernoteなどでもないよりかは良いくらいの認識をしてくれるので、ぜひ頑張ってみてほしいです。また、手書きの授業ノートのスキャンおよび文字認識のサービスもして頂けるとありがたいです。